然而结构x矛盾，使得菲律宾南部地区获取和平的愿景变得遥遥无期。即使摩洛伊斯兰解放组织，能代表大部分摩洛人接受半独立地位，也一定还会有极端民族、宗教主义者，愿意跟随如阿布萨耶夫组织、马巫德这样，如基地、ISIS组织那样行事的极端组织制造事端（包括向这两个组织宣示效忠）。最近引发杜特尔特采取强硬手段的，甚至中断访俄之旅的便是马巫德组织。有鉴于此，在可以预见的将来，菲律宾政府都将继续为南部的穆斯林地区倾注大量j力。

虽然菲律宾政府很难清除南部的分离势力，但摩洛人想彻底独立也是不可能完成的任务。毕竟摩洛人的总人口占比还不到菲律宾的5%。其所覆盖的面积，也只有菲律宾总面积的9%。更为重要的是，无论是西方还是整个国际社会，都不希望原本被认定为温和穆斯林的马来地区，出现一个极端立国的示范。因此所谓“邦萨摩洛共和国”一定要谋求彻底独立的话，除了基地、ISIS这样的极端组织以外，几乎不可能在国家层面获得支持。

单纯从菲、马两国维持平衡的角度看，沙巴归属于马来西亚，要比归属于菲律宾更容易维持彼此的地缘平衡。否则这个本就三足鼎立的南洋第一大岛（面积），局势将变得更加复杂。有人可能会从意识形态角度，认为马来西亚会在菲南问题上有些暧昧，但事实上这样做对马来西亚并无任何好处。对于马来西亚这样多民族的联邦国家来说，更为关心的是国nei的局势稳定。更何况“邦萨摩洛共和国”在领土问题上的远期目标，不仅延伸到了沙巴，甚至还包括了砂捞越。

其实现在婆罗洲特别是东马来西亚部分的地缘政治结构，就已经够复杂了。除了砂捞越、沙巴两州以外，东马地区还有一级行政区—纳闽联邦直辖区存在。这个法律地位与吉隆坡、布城相同的行政区，是位于文莱东北沿海的一个岛屿。19世纪中叶，准备将北婆罗洲地区纳入自己势力范围的大英帝国，希望在沿海寻找一个岛屿作为基地，最终选定的即是纳闽岛（公元1848年，从文莱手中“租”取）。

离岸较近的岛屿，一直是海洋殖民者最为青睐的殖民地。即可通过自己的海洋实力影响甚至控制大陆沿海地区，在安全上又有极大的保障。只不过，这种做法有利于建立殖民统治的做法，往往在被殖民国家独立后，让本地区的地缘政治结构变得更加复杂。比如在中国nei部获得“特别行政区”地位的香港、澳门就是这种情况。

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